Kepemimpinan militer dalam Perang Saudara Amerika diberikan kepada struktur politik dan militer dari kedua belah pihak yang terlibat dalam konflik tersebut. Secara keseluruhan, kepemimpinan militer Amerika Serikat selama Perang Saudara Amerika pada akhirnya berada di tangan Presiden Amerika Serikat sebagai panglima tertinggi konstitusional, dan kepala politik dari departemen militer yang ia tunjuk. Sebagian besar komandan utama Union pada masa perang memiliki pengalaman sebagai tentara reguler sebelumnya. Jumlah yang lebih kecil dari para pemimpin militer berasal dari Tentara Sukarelawan Amerika Serikat. Beberapa dari mereka berasal dari negara-negara selain Amerika Serikat.
Di Konfederasi Selatan, panglima tertinggi konstitusional dilatih di Akademi Militer West Point dan telah berdinas dalam Perang Meksiko-Amerika. Banyak perwira dalam Angkatan Darat Amerika Serikat (sebagian besar dari mereka dilatih di Akademi Militer West Point atas biaya Amerika Serikat, dan telah mengucapkan sumpah setia pada negara yang sama) bergabung dengan pemberontakan melawan Union. Beberapa pemimpin militer Konfederasi yang signifikan muncul dari komando unit negara bagian. Beberapa pemimpin militer juga berasal dari negara-negara selain Amerika Serikat.